Бедствия, постигшие наше Отечество в годы Великой Отечественной войны, не обошли стороной и обитель. Подверглись разрушениям Трапезная и Братский корпус, стена Михайловского собора. Другие храмы также пострадали от артиллерийских обстрелов. В тяжелое время войны обитель возглавлял игумен Павел Горшков. После освобождения Печор он был арестован, осужден на 15 лет и скончался в тюремной больнице в возрасте 80 лет. Спустя 52 года игумен Павел был реабилитирован. Тогда, в первый год войны, братия не случайно выбрала его своим наместником. Благодаря избранной им тонкой и умной линии поведения с оккупационным режимом, сохранилась обитель со всеми ее ценностями и святынями, сохранилась братия. Мало того, уповая на милость Божию, он укреплял своей верой других, организовывал продуктовую помощь пленным красноармейцам в лагерном пункте №134 Пскова, больным и престарелым Псковского дома инвалидов и богадельне на Завеличье. Есть свидетельства и о том, что в войну в монастырских пещерах укрывались советские разведчики. Один из них при посещении обители в 1984 году лично подтвердил этот факт. Так святая обитель-крепость и в минувшей войне оставалась негасимым светильником православной веры, помогла нашим соотечественникам выстоять в это тяжелое для всей страны время.

В ХХ веке монастырю вместе с Отечеством пришлось пройти через две войны. Но древнии традиции, бережно хранимые в монастыре, не были нарушены даже в самые страшные для русского монашества времена. Молитвами Пречистой Богородицы Псково-Печерская обитель промыслом Божиим была по договору 1922 г. отнесена к Эстонии и оставалась там вплоть до 1940 г., чем и была спасена от всеобщего разорения и осквернения.