За свою ревность к славе святой обители и к благу ближних, за то постоянное и неутомимое усердие, с каким игумен Корнилий совершал дело Божие, он много пострадал от клеветников. В одной древней рукописи, хранящейся в библиотеке Троице-Сергиевской Лавры написано, что, когда игумен Корнилий вышел за монастырские ворота навстречу государю с крестом, царь, заранее разгневанный на него, своей рукой ссек ему голову, но тотчас же раскаялся и, подняв тело его, на своих руках понес его в монастырь. Обагренная кровью преподобного Корнилия дорожка, по которой царь нес безжизненное тело к церкви Успения, в память этого события названа “Кровавым путем”.

Свидетельством раскаяния царя Иоанна Васильевича служат щедрые пожертвования Псково-Печерскому монастырю, сделанные им после кончины Корнилия и, как утверждают, именно в память этого мученика. Он оказал обители много благодеяний и много способствовал украшению ее, наградил селами, золотом, разными книгами и многими другими потребными вещами, а из собственных его царских вещей в память оставил цепь золотую, в коей 19 звеньев золотых, монет весом 42 золотника, нож, вилку и ложку в серебряной оправе, орчаг седельный, трубу военную и денежный кошелек, два ковша серебряных весом оба 1 фунт и 87 золотников. Царь приказал вписать в синодик имена опальных людей, ручным усечением конец принявших, сожженных, из пищалей простреленных, имена коих знал один Господь. Из Псково-Печерского монастыря были вписаны игумен Корнилий и старец Вассиан .Имя игумена Корнилия было отмечено также и в царском синодике.
Тело игумена Корнилия было положено тогда в стене пещеры, где пребывало 120 лет невредимо. В 1690 году Маркеллом, митрополитом Псковским и Изборским, со священным собором, мощи преподобного Корнилия, “аки сокровище драгоценное”, были перенесены из пещеры в соборную Успенскую церковь и поставлены в новом гробе в стене. Преподобный Корнилий много послужил возрождению Псково-Печерской обители. Его управление возвысило значение монастыря и как оплота славянства перед тевтонской силой, и как рассадника христианского просвещения. О памяти игумена Корнилия “из рода в род” поет “Корнилиевский” колокол.

Память св. преподобномученика Корнилия чтится 20 февраля по церковному календарю.

В 1541 году преподобный Корнилий поставил церковь во имя Благовещения Пресвятой Богородицы, расширил и украсил монастырь и главный храм его — Успенскую церковь. Распространил и прокопал далее монастырские пещеры, как свидетельствует надпись на его гробе. Учредил при обители иконописную, столярную, кузнечную, керамическую и другие хозяйственные мастерские, задачей которых являлось распространение икон среди новообращенных — жителей этого края. “Будучи строгим монахом, преподобный Корнилий был и великим патриотом Русской земли и искренним сторонником общественно-политических интересов Московского государства”.

Для отвращения бедствий, грозивших Псково-Печерской обители, игумен Корнилий решил построить вокруг монастыря большую каменную ограду. И вот во время семилетней войны Ивана Грозного с Ливонией (1558-1565) преподобный Корнилий воздвиг вокруг всего монастыря массивную каменную стену (из плит) высотой в 5 арш., длиной в 380 сажен, а шириной более 2 аршин. В результате возведения каменной ограды обитель превратилась в грандиозное оборонительное сооружение. Преподобный Корнилий хорошо знал, что одних башен и стен недостаточно для защиты от врага. Поэтому, когда была закончена постройка каменной стены, над Святыми воротами игумен Корнилий по собственному проекту построил каменную церковь во имя Святителя Николая Чудотворца (1565 год) и тем самым поручил этому истинному защитнику чистоты веры христианской охранять православную обитель на границе с враждебными Православию народами.
Последующие события, показали мудрую прозорливость преподобного Корнилия. Через десять лет, после его кончины, выстроенные им стены увидели врага. Несмотря на сильный натиск неприятеля, монастырь устоял. Более 150 лет со времени своего основания служили стены монастыря — до заключения Ништадтского мира в 1721 году, положившего конец воинской деятельности обители. По заключенному тогда договору к России навсегда отошли Лифляндия, Эстляндия, Ингерманландия, часть Карелии, Выборгский округ и некоторые острова. Псково-Печерский монастырь оказался вдали от границ, вдали от опасности, не стало необходимости вооружать эту крепость.